Soja przeżywa prawdziwy bum w sklepach ze zdrową żywnością. Kotlety sojowe, tofu, mleko sojowe, wędliny, parówki, pasztety z soi to jedno z podstawowych pokarmów wegetarian. Soja bogata jest w białko, witaminy głównie z grupy B (B1, B2, B6) i minerały (żelazo, potas, fosfor i magnez). Dużo też mówi się o jej dobroczynnym wpływie na organizm. Soja łagodzi napięcie przedmiesiączkowe (PMS) i dolegliwości menopauzy, chroni przed miażdżycą, chorobami serca i osteoporozą. Zmniejsza też ryzyko zachorowań na nowotwory. Jednakże dotyczy to spożywania soi w postaci sfermentowanej, popularnej w krajach azjatyckich.
W Europie spożywa się ziarno soi.
Jest to postać niesfermentowaną, która nie jest już tak korzystna dla zdrowia. Coraz więcej jest też produktów z soi modyfikowanej genetycznie. Soja stanowi tanie źródło białka. Znajduje się w blisko 70 % przetworzonej żywności, w tym fast foodach. Soję dodaje się do wędlin, kiełbas, a nawet czekolady. Zawarta w niej lecytyna nie rzadko pozyskiwana jest z soi. Istnieje wiele ku temu dowodów naukowych, że jednak nie jest zwłaszcza w dużych ilościach korzystna dla zdrowia.
Soję można spożywać, lecz nie za często i tą w postaci sfermentowanej.
Soja może wywołać alergię – jest popularnym alergenem; wiele osób nie toleruje białek sojowych, zwłaszcza dzieci, dlatego nie zaleca się stosowania pokarmów na bazie soi (np. mleko sojowe, kaszki z dodatkiem soi) w diecie dzieci i niemowląt.
Soja zawiera kwas fitowy – łączy on się w układzie pokarmowym z minerałami: z cynkiem, wapniem, żelazem i miedzią i może prowadzić do ich niedoboru.
Soja niesfermentowana jest ciężkostrawna – bywa przyczyną bolesnych gazów i wzdęć. Przed spożyciem należy ją długo moczyć (jak fasolę) i długo gotować. Soja niesfermentowana występuje najczęściej w Polskich sklepach. W Azji, gdzie jest bardzo popularnym pokarmem, spożywa się ją tylko w formie sfementowanej, która jest rzeczywiście zdrowa . Są to produkty sojowe, takie jak: miso, toffu, natto, tempeh.
Soja ma niekorzystny wpływ na płodność u mężczyzn i może powodować zaburzenia erekcji – Zawarte w soi fitoestrogeny upośledzają plemniki przyczyniając się do spowolnienia ich ruchu i zniszczenia ich DNA.
Soja może zwiększać ryzyko powstawania kamieni nerkowych – zawiera szczawiany (podobnie jak szpinak i rabarbar) odpowiedzialne za powstawanie tego schorzenia. Nie powinny spożywać jej osoby chore na kamienie nerkowe oraz te, które mają predyspozycje do ich tworzenia.